MISSION TANKER牐犖了调查新型“METAL GEAR”的详细资料，并向全世界发表以阻止其生产，SNAKE和OTACON决定潜入停泊在港口的一部运载着新型“METAL GEAR”的TANKER内，寻找所需的证据……
CHAPTER 1：潜入牐牭谝桓瞿康氖乔巴鵗ANKER的最顶层，首先可以到甲船的两边收集各种道具，遇上敌人时，可以使用手持的“M9”麻醉枪令敌人入睡，不过要注意子弹的消耗。
经甲板两边的门(连按△键才能打开)可通往舰桥1楼的居住区，在这层有不少道具收藏在暗处和储物柜内，一定要尽量拿取。经1楼中央的休息室(设有酒吧)可通往2楼，之后往左手边前进可到达3/F。
舰桥3楼设有闭路电视，除了贴墙移动外，还可以借助船内取得的“CHAFF GERNADE”来干扰雷达。而到达4楼后，右手边的通路上设有红外线炸弹装置，应付方法是将装置前的灭火器射破，之后就可以看清楚红外线的位置，按X键爬行通过，否则会炸弹爆炸GAME OVER。
成功到达最顶层，SNAKE发现有人在驾驶舱外，于是前往调查。从她的对讲机谈话中得知她叫OLGA，之后两人难免一战。
BOSS BATTLE：OLGA牐犜谔焯ㄉ系囊怀∏拐剑琌LGA本身并不强，不过天台的地形复杂，令她获得不少掩护，所以瞄准一定要快。如果射中对方头部的话，减血会较多。到中段时OLGA会用射光灯照向SNAKE,使瞄准更加困难，要从她开枪的地点来估计其所在位置。
CHAPTER 2：METAL GEAR RAY被夺牐牻玂LGA击昏后，便要到TANKER的底层调查新型“METAL GEAR”，所以要沿路回到1楼的休息室，经右手边的楼梯就可以到底层的机关室。回程时记得拿天台的道具，尤其是要爬上最高处拿“THERM.G(热能探测器)”。
在机关室的左上方出口处，设有多个红外线炸弹装置，由于无法爬过的关系，一定要将三个控制装置全数击破。控制装置的特点是闪着绿光，使用新武器“USP”即可。其中一个位于通路右手边的墙上，要爬上铁箱才能瞄准。另外两个则位于地上，位置较难发现，不妨多转角度。
成功破解炸弹装置后便可以前往“第二甲板”，经过长长的通路最终到达右舷部分。在该处看到有多名敌军士兵从同一间房内走出，SNAKE被发现，又是一场大战：敌人众多，一定要一边躲闪，一边反击，还有小心敌人扔过来的手雷。大约击退5－6名士兵后战斗便会结束。
进入船舱内，海军陆战队司令正在向海军发表演讲。SNAKE要利用这个机会深处内部拍下新型“METAL GEAR”的照片，一共要四张，分别是正面，左边，右边，和一张有“MARINE”标记的。再用该房间内东南面的电脑将照片传送给OTACON。
在7分钟限时之内，SNAKE要潜入最北面，停泊着METAL GEAR RAY的船舱。中途将遇到大量士兵，不过因为他们正留心听讲演的关系，小心一点是不会被发现的。要注意通过地上的铁板时会发出声响令敌兵起疑心，所以尽可能不要经过铁板。
到达METAL GEAR RAY所在后，要找到时机用手持数码相机拍照。注意成功后会有特别效果音，SNAKE也会说“GOOD”等。也拍下四张，然后到电脑处将照片传送给OTACON。
接着司令演讲结束了，但在上级出现过的OCELOT也杀出，成功地将METAL GEAR RAY夺走，而SNAKE也消失在茫茫大海之中，生死未知……
MISSION PLANT牐燤ETAL GEAR RAY被夺走的“TANKER事件”后两年，美国总统和一批政要被恐怖份子“DEAD CELL”囚禁在一个名为“BIG SHELL”的海上装置上。这班恐怖份子要求30亿美元，否则除了杀死全数人质外，还会将“BIG SHELL”炸毁，令该处的有毒废料严重污染海洋。有见如此，政府派出代号为“RAIDEN”的特工前往解决今次事件……
CHAPTER 3：新的展开牐牭执铩癇IG SHELL”后，很快会遇上敌人，接着便要开始任务，调查总统所在地，由于没有地图地关系，每到达一个新的地区，一定要先寻找“NODE UNIT”，一部发出蓝光的电脑，在该处按下△键就会自动下载该区的地图，在整个BIG SHELL地区内都要注意。
BIG SHELL一共分成SHELL 1和SHELL 2两个主要部分，各有一个核心(CORE)和六个支柱(STRUT),每根支柱都是六边形，而且有一架桥互相连通。目前RAIDEN的所在地为SHELL 1的STRUT A,暂时估计总统被囚禁在STRUT B内，如果是的话目的就是STRUT B。
经STRUT A天台，爬往左手边的楼梯便可到达下层，除了可找到“NODE UNIT”取得地图外，还可以找到通往STRUT B和STRUT F的通道。BTW:在“BIG SHELL”内有不少房间需要取得“LV 1”,“LV 2”或“LV 3”的钥匙卡才能进入。先前往STRUT F，在仓库内可以获得麻醉枪“M9”，以后的战斗会比较轻松。
到达STRUT B时，遇到DEAD CELL的嗜血杀手“VAMP”和改名为“PLISKIN”的SNAKE，之后RAIDEN便会和“PLISKIN”合作救出总统，不过暂时要和“PLISKIN”分开。
通过STRUT B后，在“BC联络桥”上发现DEAD CELL队员打算将总统送往SHELL 1 CORE内，途中由政府派来的“SEAL TEAM 10"打算阻止，可是通往SHELL 1 CORE的桥被炸坏，只好另寻办法进入。
CHAPTER 4：炸弹狂徒FATMAN牐牸绦往下一个地区进发，在STRUT C遇到政府派来的拆弹专家PETER,而“PLISKIN”也比RAIDEN早一步到达。据PETER指出DEAD CELL的炸弹专家“FATMAN”已经在12各STRUT上放置C4炸弹，要利用感觉器将那些炸弹全数找出，以及使用冷冻喷雾将之冰封，以解除其威胁。于是RAIDEN和“PLISKIN”就分头寻找SHELL 1和SHELL 2的C4炸弹。
STRUT C的炸弹位于洗手间内，使用SENSOR A后炸弹位置会显示在地图上(黄色地区)，在该范围内加上调查应不难发现。找到炸弹后使用“COOLANT”将之冰冻。
STRUT D的炸弹要打开地板后才能发现；STRUT B那个要关上柜门后才可看到；STRUT A那个比较麻烦，需先从右手边的水管爬过去后可到达；STRUT F那个从上层按△键往下跳便可以找到。最后的炸弹位于STRUT E天台的战机底部，要从机翼处往里爬方可找到。
将SHELL 1的全部6个炸弹拆除后，从PETER处得知还有一个炸弹位于STRUT A,而这种炸弹是SENSOR A不能探测得到的，并且要在400秒内成功拆去。这时需要先回STRUT C拿新的SENSOR B,再到STRUT A的底层将那个炸弹拆除。SENSOR B的用法和之前有点不同，这个感觉器即使找到炸弹也不会显示在地图上，只要按照炸弹发出的“哔哔”声大小就可以找出，距离炸弹越近声音越大。该炸弹的位置是在水池里的小型潜水艇上。
成功拆去炸弹后，在回程时竟遇上DEAD CELL的女将“FORTUNE”。注意：她是无法被击倒的，唯有留住性命，静待EVENT的发生。最后RAIDEN竟“意外”地击中FORTUNE身旁的VAMP……
BOSS BATTLE：FORTUNE牐犕耆一边倒的战斗，由于所有子弹会避开FORTUNE，根本没有胜算，一定要小心躲开她的攻击，大概战斗5分钟后，后面的电梯到达后就会自动结束战斗。
下一步就是要在400秒内赶往STRUT E的直升机机场处将炸弹拆除，成功后DEAD CELL的炸弹狂人FATMAN会出来，和他决一死战……
BOSS BATTLE：FATMAN牐犝獬≌蕉返奶氐悖就是FATMAN会不时在机场内安炸弹，一定要在1分钟内将炸弹拆去，否则就会GAME OVER。这些炸弹可以用SENSOR A感应得到，所以一定要装备这个道具。拆去几个炸弹后，FATMAN就不会安了，改用机关枪反击。由于机场面积相当大，FATMAN又移动得非常快，所以要击中他并不容易，一定要先估计其移动位置，再上前拦截。只要连续射中其约5枪，FATMAN就会倒在地上，这时瞄准向他开枪，伤害度会比平时高，一定要好好把握。BTW:移动到机场四周时要分外留神，因为有可能跌下去GAME OVER.CHAPTER 5：寻找AMES牐牻獸ATMAN击倒后，他想引爆身上最后一个炸弹，一定要在限时按□键搬动其尸体，之后便可以老方法将炸弹除去。离去时会遇上忍者打扮，之前和RADINE联络过的“MR.X”,他表示一个名叫“AMES”的特务知道目前总统的所在地，这个AMES和其他人质一起囚禁在SHELL 1 CORE的B1/F内，而找出AMES的方法是用声音：AMES的心跳声和一般人有分别,只要使用“DIRECTIONAL MICROPHONE”这种扩音麦克风就可以在较远距离知道谁的心跳比较特别，从而发现谁是AMES。
不过要潜入守备森严的SHELL 1 CORE并不容易，一定要假扮成士兵才可不被保安发现。和MR.X告别前，他会将LV 2保安卡，敌兵服装和一个手提电话交给RAIDEN，而为了成功扮成敌兵，一定要先取得敌兵所用的AK47步枪，所以在出发前，一定要回STRUT F内，利用刚取得的LV 2保安卡拿取AK47步枪。
成功扮成敌兵后，进入SHELL 1 CORE就会畅通无阻。但要注意不能碰到敌人士兵，因为会被识破。到达SHELL 1 CORE后，应先在各层寻找电脑下载地图，之后便经电梯前往B2,在电脑室里寻找刚刚提到的“D.MIC”。
最后则回到B1，在完成“视纹探测”后进入AMES被囚房间。要通过“视纹探测”，一定要有敌兵帮助：先将敌兵引到该房附近，之后在其背后勒住其脖子即可。(双手没有武器时按□键)牐牫晒进入囚室后，便要及早利用“D.MIC”寻找AMES,记住一定不可以对房内的敌兵用麻醉枪，一来这样会引起敌人的怀疑，二来他睡着时的鼾声会盖过所有心跳声，所以只有在敌人远去时使用“D.MIC”，敌人走近时就要装备AK47。
最后在最下面偏左的位置发现AMES，得知总统现在应该在SHELL 2 CORE内，并接过LV 3保安卡。这时他们的举动被OCELOT察觉，玩家一定要马上装备AK47,不要乱动，否则会立刻被发现，之后AMES心脏病发死去，而RAIDEN也被发现其身份，幸得忍者MR.X相救才逃出SHELL 1 CORE。
CHAPTER 6：总统之死牐犂肟猄HELL 1 CORE后，先到STRUT F仓库中利用LV 3保安卡拿取新武器(尤其是狙击枪PSG1)，之后便要经STRUT D门前往SHELL 2部分。
到达在“SHELL 1-2”联络桥时，发现大量红外线炸弹装置，一定要将控制装置全部击破后才可以前往SHELL 2。一般说来，最容易错失的是SHELL 1外墙上，以及SHELL 2顶层飞来飞去的CYPER上的控制装置(只可以射最顶的部分)。
清除炸弹后，DEAD CELL的幕后黑手“SOLIDUS”终于出场，一场交手后他乘坐在战机“HARRIER”上，和RAIDEN来一场空地大战。
BOSS BATTLE:HARRIER牐犓淙欢允质且徊空蕉坊，不过RAIDEN的装备也不差：手持的STINGER火箭炮威力极大，瞄准后命中率非常高，只要小心回避HARRIER的攻击，配合激光了解其动向，不难加以反击并轻易获胜。唯一要注意的是装备STINGER后将不能移动，一定要及时按R2键解除装备来移动，找到敌机后立即按R2键装备武器反击。另一方面，记得不要打错SNAKE乘坐的直升机。
击退HARRIER后，接下来就是要前往SHELL 2 CORE寻找总统。由于联络桥已经严重损坏，所以要爬栏杆和水管方可到达目的地。中途有火的地方可用“COLLANT”来灭火，(接过手提电话的E-MAIL后得知)而有缺口的地方则可以用“侧手翻”来跳过去。(←+X键)牐牸绦往前走，到达STRUT L外围时，要蹲下贴墙移动方可通过。接着再往前行不久便可以到达SHELL 2 CORE。
虽然非常接近总统的所在地，不过由于囚禁总统的房间设有高压电流，根本不能靠近半步，只有使用“NIKITA”这种遥控导弹把房间内的发电机打破，才能进入将总统救出。
“NIKITA”位于B1被水淹没的房间内，游水的重点是按○键加速，方向向四周移动，最重要的是记得前往地图上蓝色的地方回复氧气，否则氧气用完后会直接减血。除了“NIKITA”外，在水中还可以取得不少强力装备，所以不妨在水中调查清楚。
基本上找到“NIKITA”就可以离去，反正稍后要再来一次，余下的部分可以稍后再作调查。
回到1/F，在通风口的外边发射“NIKITA”导弹，之后控制导弹前往总统的囚室内，便可以将发电机击破，继而可以进入房间内和总统会面。(导弹的飞行路线：笔直转右上斜后转左沿路直去上斜后转左)牐牶妥芡臣面后得知不少关于这次事件的真相，为了阻止新型METAL GEAR“ARSENAL GEAR”的启动，RAIDEN从总统手上接过载有病毒程序的光碟，以及奉命寻找ARSENAL GEAR主程序员之一的EMMA后，总统就自杀了，以阻止发生核弹危机。(这个总统的样子有点像小布什)CHAPTER 7:EMMA牐牼葜狤MMA很可能在SHELL 2 CORE的B1内，于是RAIDEN立刻前往救援，潜入水中后，在最右下角的房间内找到一扇门，沿水路进入，最后在最左边发现另一扇门，打开后沿路往里面游，在一间房内，再次遇到VAMP……
BOSS BATTLE:VAMP牐犐硎置艚莸腣AMP，实际不难对付：首先不要跳入水中，因为会GAME OVER，而VAMP在水中和身上放红光时是无敌的，一定要等他上岸后再打。VAMP的攻势不是太强，比较麻烦的是他用刀攻击RAIDEN的影子，这时会有一定时间不能移动，就连补血也不行，一定要非常小心。
将VAMP击倒后，沿上面的门往内走，最终在墙边的储物柜发现EMMA，但她怕水，RAIDEN只好背她回去。注意：EMMA的氧气棒长度较短，所以发现可以补氧气的地方一定要及早回复，否则EMMA很容易死去。
回到和VAMP对战的房间时，EMMA走不动了，RAIDEN需要按△键扶她走路(双手不能装备武器或道具)，由于没有武器的缘故，所以要小心敌人的出现，最好先到前面收拾玩敌人，再回去接EMMA一起逃走。
回到电梯前，由于有大量蟑螂的原因，一定要使用“COOLANT”(冷冻剂)将蟑螂赶走，否则EMMA害怕向前。(真难伺候!)沿路回到KL联络桥，使用EMMA的LV保安卡就可以到达STRUT L,在该区通过打开地板后的铁梯可大大缩短时间，RADIEN要EMMA独自走上狭窄的小桥，自己则留下使用狙击枪保护EMMA。
在桥上埋有不少地雷，使用“THERM G(热能探测器)”可看得一清二楚，接着用PSG1将地雷一一击破。另一方面，也要小心对岸的敌人。如果一个人应付不了的话，可以找SNAKE来帮忙。
正当EMMA快要到SNAKE那处时，VAMP再次出现，并捉住了EMMA。这时RAIDEN要及时用PSG1将VAMP击倒，否则EMMA会有生命危险。将VAMP击倒后，EMMA还是受了伤，并由SNAKE带走,而RAIDEN要尽快带同总统的光碟回SHELL 1 CORE B2的电脑室和SNAKE会合。
利用LV 5保安卡，很快便可回到SHELL 1的STRUT E，之后赶回SHELL 1 CORE时，EMMA已经奄奄一息，幸好还能启动那张光碟，可惜病毒似乎没有能全部上传，最后还是没有阻止得了ARSENAL GEAR的启动，而EMMA在哥哥OTACON身边死去。
FINAL CHAPTER：自由之光牐牼过一轮剧情交待后，ARSENAL GEAR终于启动，而RAIDEN也被SNAKE和由OLGA假扮的“MR.X”背叛，并被带往SODLIUS处，RAIDEN的身世有了突破性发展。
得到OLGA的帮助，RAIDEN成功逃走，首先要去和SNAKE会合，以取回自己的装备，途中有不少敌兵，在没有装备的情况下，要步步小心，否则很容易挂。
在长管通道上，会不停收到CALL,一一接收后SNAKE会出现，RAIDEN拿到自己的全部装备，更多了一把威力不小的由OLGA所送的东洋刀。
试用了东洋刀后，RAIDEN和SNAKE就要突破敌军包围，向ARSENAL GEAR的最深部进发。将敌人全部击退后，近乎无敌的“FORTUNE”终于出场！SNAKE自愿留下来对付她，RAIDEN继续前进，在顶层遇到SOLIDUS,以及三部METAL GEAR RAY……
BOSS BATTLE：METAL GEAR RAY牐犞沼诘搅撕虰ATTLE METAL GEAR决战的时刻，由于要一次对付三部的关系，苦战所在难免，所用武器一定要用“STINGER火箭炮”，最好一部一部地打，而且一定要打头才有效。RAY的攻击方式有多种，最需要小心的是其跟踪导弹，最好用侧手翻来避开，另外要尽量避免靠近RAY，因为很容易被其激光打中。打坏一部后会马上又出来一部，一共要击坏三部才可以。
击退三部RAY后，OLGA会突然出现协助RAIDEN，但最终被SOLIDUS惨杀。而RAY也开始收到EMMA上传的电脑病毒影响而失灵，反过来攻击SOLIDUS。接着是长长的剧情交待，到最后RAIDEN和父亲SOLIDUS作最后决战，然后就是大家期待以久的结局。
通关后将按照玩家成绩给以一定的特别物品，如可以拍摄并储存在记忆卡上的数码相机等，另外开始第二次游戏时可选择“EXTREME”这项新难度。
FINAL BATTLE：SOLIDUS牐犠钪照剑琑AIDEN面对着是自己父亲，双手持剑的SOLIDUS,会有怎样的复杂心情呢，而SOLIDUS心里又是怎样一番感受呢……
SOLIDUS并不难对付：招式不致命，RAIDEN的武器却威力不小，不必回复体力也可轻松获胜。唯一要注意的是SOLIDUS的火焰攻击，被烧到后会在一定时间内一直减血，不过只要穿上防御力加倍的“B.ARMOR”，问题应该不大。
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