涿鹿之战，黄帝大胜蚩尤，七大先锋兽族功不可没，黄帝遂封七大兽族各持有一块七曜（日、月、金、木、水、火、土）晶玉，每个晶玉皆蕴含著一种不可思议的力量。 兽族间本就存在著的冲突，在黄帝殁后越演越烈，终于燃起烽烟；大战之后，原本就居于弱势的兽族从此灭亡，而七曜晶玉也因此分散至神州各地。除了置身于事外的金翅族外，仅存的血狐族与赤虎族两大族，从此过著互相牵制却也互相觊觎彼此力量的日子。
《幻想三国志3》剧情发生于公元183年末，《幻想三国志2》剧情之前，是系列作时间轴中最早的一部。
时值东汉光和年间，长虹贯穿紫微星的那夜，中土发生了一场大地震。这场灾厄不仅毁了许多无辜人民的家园，也使得五原山石崩塌、汉运火德泄出，少年夏皓因缘际会之下结识了张角之女张婕，并与太平道教主张角、以星象神算著名的玄机宫宫主—计采遥一同发现了封印魔界之门的上古机关“七曜星轮”之封印有松动迹象，如不加以阻止，则猛兽妖怪将四处萌生，神州将陷入浩劫。而唯有找齐七曜晶玉，方能再度启动封印，恢复人界秩序。
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