《混沌之脑》故事的舞台发生在东京的涩谷，游戏中随处可以看到熟悉的场景。而本作的主角虽然是个好色的宅男，但有不少玩家表示感觉自己跟他很像，非常有共鸣感。不断发生的猎奇事件以及妄想与现实的交错的故事情节。游戏中不乏各种凄惨的尸体以及残缺的人体等镜头，其紧张感让人窒息。
高中私立翠明学园二年级学生的西条拓巳，自称对三次元没有兴趣，和家里的大量美少女人偶一起生活。在他所住的涩谷在2008年9月7日以来发生了连续猎奇杀人事件“新世代的疯狂”，成为了网络和电视上的热门话题。2008年9月28日深夜，拓巳在聊天室遇到了一个自称“将军”的人。“将军”发言中的网页链接就像是预言下一个猎奇事件的恐怖图像。第二天，拓巳遇到了和图像中的手法一样的杀人现场，而在尸体前站着的一名浑身是血的谜之少女……
某一天，在拓巳常去的聊天室中，出现了一个叫『将军』的人。点击他所发出的网址链接，会看到他所预言的下一次的ニュージェネ事件的残缺尸体的画像。
第二天，拓巳遇上了如同预言一样的被杀的人所在的凄惨的案发现场...
猎奇事件潜进了拓巳平稳的每一天...
西条拓巳（西条 拓巳（にしじょう たくみ））声优：吉野裕行
生日：5月8日，身高：170cm，体重：54kg，血型：AB型。
男主角西条拓，也就是个居住在楼顶上集装箱内的死宅，性格懦弱，不擅长与人交流。精通PCGAME，在一款名字为《Empire Sweeper Online》的网络游戏里扮演圣骑士有着极高的技能与等级。
咲畑梨深（咲畑 梨深（さきはた りみ））声优：喜多村英梨
生日：7月3日，身高：158cm，体重：46kg，三围：84-58-86，血型：B型。
私立翠明学园高校2年生。拓巳的同班同学。
苍井濑名（苍井 セナ（あおい せな））声优：生天目仁美
生日：3月8日，身高：162cm，体重：46kg，三围：75-54-79，血型：AB型。
私立翠明学园高校3年生。
楠优爱（楠 优爱（くすのき ゆあ））声优：高桥智秋
生日：10月18日，身高：159cm，体重：53kg，三围：87-60-90，血型：A型。
私立翠明学园高校3年生。温柔文雅的姐姐型角色，本性善良，初时为调查拓巳而伪装接近，深深伤害男主。
折原梢（折原 梢（おりはら こずえ））声优：辻亚由美
生日：11月13日，身高：149cm，体重：40kg，三围：73-51-75，血型：O型。
私立翠明学园高校2年生。拓巳的同班同学。典型的冒失娘，有类似心灵沟通的能力，并一直使用这种能力代替开口说话。
岸本绫濑（岸本 あやせ（きしもと あやせ））声优：榊原由依
生日：1月29日，身高：168cm，体重：49kg，三围：81-56-82，血型：O型。
私立翠明学园高校2年生。
西条七海（西条 七海（にしじょう ななみ））声优：宫崎羽衣
生日：2月17日，身高：152cm，体重：42kg，三围：77-54-80，血型：B型。
私立翠明学园高校1年生。拓巳的妹妹系。好强并且好动，运动全能。
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