1912年，空中浮城哥伦比亚突然在公众的视线中消失了。这座城市由几个空中浮岛组成，岛之间用桥梁和货运带连接。全世界都知道哥伦比亚。与隐藏于深海中的销魂城不同，哥伦比亚是由美国政府建造，它环绕着世界飞行，时刻向世人提醒美国的强大。
美国政府的原意是将哥伦比亚作为和平与亲善的标志，但是它的存在对各国来说却是一个时刻悬挂于头顶之上的威胁。
哥伦比亚的居民们也有那种高高在上的优越感，同时他们建造这座城市的父辈们当作神一样崇拜，于是人们产生了一种虔诚的宗教信仰，城市的管理者们也为居民们灌输了一种极端美利坚民族主义思想。
然而在游戏开始时，哥伦比亚已经消失了好几年，其原因据说是因为一起残暴的国际事件。实际上哥伦比亚并不是一座简单的城市，而是一艘空中战舰，搭载了大量的重型武器。而哥伦比亚的领导者们与美国政府之间产生了分裂，结果整座城市就在云层中消失了。过去几年来，没有人知道它的位置——直到一个客户找到了一位叫Booker DeWitt的男子。
当Booker来到哥伦比亚时，他能听到远处此起彼伏的爆炸声与枪声，墙壁上到处贴着强烈极端民族主义风格的宣传海报，甚至有一些建筑正从空中坠落……显然这座云层上的城市正因为战争而分崩离析。哥伦比亚的居民分裂成两个势力，一个是统治城市的政府，还有一个是地下抵抗组织Vox Populi，该组织试图消除弥漫于整个城市的民族主义与仇外情绪，为了完成这个目标，他们甚至不惜炸掉哥伦比亚。Booker发现，伊丽莎白竟是这场争端的焦点。
伊丽莎白走到哪里，冲突似乎就跟到哪里。Booker渐渐得知，这座城市里有一个预言：伊丽莎白将决定城市的命运。为了各自的目的，政府与Vox Populi都想将伊丽莎白据为己有。
