旗帜主要分为常规旗帜和特殊旗帜。

常规旗帜主要就是结盟旗帜，需要玩家到船头桅杆上进行悬挂。之后在海上遇到悬挂相同结盟旗帜的时候双方就会自动成为盟友。

特殊旗帜分为四种：死神旗帜，淘金者旗帜，灵魂秘社旗帜，商人联盟旗帜。

死神旗帜：玩家在死神岛上什么东西都可以卖，并且获得额外的收入，但是会被全地图的人看到位置。

淘金者旗帜：淘金者声望会更高，宝箱类小宝物物品有额外收入，等级满了之后会获得额外任务。

灵魂秘社旗帜：灵魂秘社声望会更高，骷髅类钻石类物品会有额外收入，等级满了之后会获得额外任务。

商人联盟旗帜：商人联盟声望会更高，商品物品会有额外收入，等级满了之后会获得额外任务。

特殊旗帜可以增加玩家的各项收益，都有各自的等级，等级越高，收益越高，也可以接任务。